Polo GGB offre servizi di genotipizzazione mediante Shallow WGS (o Low-pass Whole Genome Sequencing) e ddRAD Seq per lo studio di varianti genetiche. Il servizio di Shallow WGS prevede il sequenziamento dell’intero genoma a bassa copertura (0.1x e 4x), abbinato ad analisi bioinformatiche di imputazione genotipica basata su pannelli di riferimento. Questo approccio è indicato per studi di associazione genome-wide (GWAS) e di selezione genomica in specie per le quali siano disponibili genomi di riferimento.

Il servizio di ddRAD Seq, basato su doppia digestione enzimatica, consente di isolare e sequenziare specifiche regioni rappresentative del genoma (circa l’1-5%). Questo approccio è indicato per l’identificazione di marcatori de novo in specie “non-modello” e per studi di ecologia molecolare, poiché non richiede necessariamente un genoma di riferimento. Il servizio comprende estrazione e controllo qualità del DNA, preparazione delle librerie, sequenziamento Illumina e analisi bioinformatica.

Le analisi di allineamento, identificazione delle varianti (variant calling), identificazione de novo e imputazione genotipica vengono selezionate in base alla tecnologia utilizzata e agli obiettivi del progetto. I risultati sono accompagnati da report relativi alle analisi concordate. Contatta il Polo GGB per valutare la strategia sperimentale più adatta al tuo progetto.

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