Polo GGB offre servizi di metagenomica shotgun per studiare il DNA delle comunità microbiche presenti in campioni biologici e ambientali. L’approccio consente di affiancare alla caratterizzazione tassonomica l’analisi del potenziale funzionale della comunità, senza limitare l’indagine a un singolo marcatore tassonomico. Le applicazioni comprendono lo studio del microbioma umano e animale, l’analisi di suoli, acque e sedimenti e la ricerca agroalimentare. In funzione del progetto, è possibile approfondire pathway metabolici, geni di resistenza agli antibiotici e fattori di virulenza.

La risoluzione tassonomica, inclusa l’eventuale distinzione a livello di ceppo, dipende dalle caratteristiche dei campioni, dai dati ottenuti e dai riferimenti disponibili. Il percorso può comprendere estrazione e controllo qualità del DNA, preparazione delle librerie e sequenziamento su piattaforme Illumina e/o Oxford Nanopore. Le analisi bioinformatiche sono definite in base agli obiettivi: profilazione tassonomica, annotazione funzionale e, quando i dati lo consentono, assemblaggio e ricostruzione di genomi dal metagenoma (MAGs- Metagenome Assembled Genomes). Risultati e reportistica riflettono le attività concordate. Il team Polo GGB è disponibile per valutare campioni, profondità di sequenziamento e strategia analitica.

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