Polo GGB offre servizi di metabarcoding e sequenziamento di ampliconi personalizzati per studiare comunità biologiche e regioni genetiche di interesse. Il metabarcoding utilizza marcatori quali 16S,
ITS e COI per caratterizzare la composizione tassonomica di campioni ambientali o biologici. Le applicazioni comprendono lo studio del microbioma umano, animale, vegetale e ambientale, il monitoraggio della biodiversità e la ricerca in ambito agroalimentare. Il sequenziamento è disponibile su piattaforme Illumina e Oxford Nanopore; la scelta dipende dal marcatore, dalla lunghezza
dell’amplicone e dagli obiettivi del progetto.

La risoluzione tassonomica ottenibile dipende anche dalla qualità dei dati e dai database di riferimento. Accanto ai protocolli standard, è possibile valutare lo sviluppo di ampliconi personalizzati. Il piano di lavoro può comprendere progettazione dei primer, preparazione delle librerie e sequenziamento. Per il metabarcoding, le analisi bioinformatiche vengono selezionate tra controllo qualità, ricostruzione o raggruppamento delle sequenze, assegnazione tassonomica e analisi della diversità alfa e beta. Per gli altri ampliconi, l’analisi viene definita in base ai bersagli studiati. Contatta il team per concordare marcatori, campioni e risultati attesi.

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